主人公山岸一馬は普通の高校三年生になった。ある日いつものようにコンビニ隣の公園にいるとランドセルを背負った女の子がちらちらこっちを見ていた。するとその子は、一馬に向かい、「お兄ちゃんコナン?」と尋ねてきた。 丁度タイミングを同じにして田神さんがそうだよと女の子に言うところから一馬は事件へと足を踏み入れる。 女の子は、二階に住んでいるあっちゃんを探してほしいと頼んで来た。だが実際行って、出会った人に尋ねると、あっちゃんという人は男性だというのだ。一馬のあっちゃん探しが始まった。 またもや同級生の中村雄一、真壁仙太郎と遠藤はるみをまきこむのだが、今回は、雄一の兄弟、瑛二と典子も絡んでくる。 事件は思わぬ方向へ動き出した。 窃盗事件が発生、だがその窃盗犯が見たものは、一馬が覗いた誰もいないはずの部屋にうつぶせで倒れている人。 事件は殺人事件へと発展していくのだった。