ハルカは幼馴染が巻き込まれた不可解な事件をきっかけに、退屈な日々から脱却。神使のコヨミと共に「現代のあやかし」が関わる事件を解決していく。現代社会に潜む怪異や、人間とあやかしの間のトラブルを解決。その中で、コヨミは人間不信で不器用ながらもハルカを守り、溺愛の片鱗を見せ始める。神社の存続を脅かす大きなあやかしの陰謀が発覚。それは、コヨミとハルカの過去にも関わる壮大な事件だった。協力し、神社の力を解放。事件を解決した後、コヨミは神使としての力を抑え、ハルカの側にいることを選ぶ。