時は明治。 　山奥の寺『正怪寺』の住職、清正。彼の本職は、怪病治療師である。 　怪病治療師とは、人の医療では治せない怪奇を祓う、怪異専門の治療師のことだ。 　武力面が不得手な清正は、鋏を武器とする和裁士の実正を相棒に、寺に訪れる患者を日々治療していた。 　 　ある日、清正の元に「咳をするたびに煤が出る」という女性が訪れる。 　清正は彼女を治療するが、その病は自然に発症するものではなく、意図的に仕組んだ者がいるのではないかと疑う。 　調査のために町に降りる清正と実正。そこで出会ったのは、銀髪の神父だった。 　神父の名はクリス。果たして彼の目的とは――。