神保町の古書店「悠久堂」の書庫。そこは、本だけを愛し、現実を拒む少女・久遠靜にとっての世界のすべてだった。 だが、一冊の謎めいた古書『蓬莱私記』との出会いが、彼女の静寂を打ち破る。時を同じくして、都内では著名な研究者たちが次々と姿を消す奇怪な事件が発生。失踪現場に残された謎の印は、『蓬莱私記』に記されたものと酷似していた。 靜の前に現れたのは、太陽のように快活なジャーナリスト・朱鷺坂響。彼女は、古書と事件を結びつけ、知識の森に閉じこもる靜を現実の世界へと引きずり出す。 古代文献を読み解く「影」の少女と、デジタル情報を駆使する「光」のジャーナリスト。二千年の時を超えた壮大な計画を前に、二人の少女の、東京の暗部を巡る戦いが始まる。