東京の再開発地区で設計士・桐生篤志が殺害された。現場上空には十羽以上のカラスが一点を凝視していた。捜査一課の笠木怜刑事は、鍵穴の破損とレモンの匂い、そして「CROW EYE」というカラスの行動を記録するSNSデータから犯人像を追う。犯人は測量士の狩野葵。談合の証拠となる書類を盗もうとして桐生を刺殺したが、背後には再開発機構の朝倉課長補佐と部長・鷺沼の存在があった。笠木は映像解析と録音データから、鷺沼が入札操作と殺人教唆を主導していたことを突き止める。事件は解決するが、街の空には再び黒い群れが舞う。笠木は空を見上げ、カラスの眼が今日も都市の闇を見つめていることを感じる。