どこぞの宇宙から突如地球に現れ、襲撃し始めた巨大生命体《エルビー》。 古代の文献からエルビーの襲来を知っていた組織《サレナ》は、合体ロボット《アクエリオス》を開発、パイロット適性のある少女たちを養成する。 そして、彼女たち《姉妹》は《アクエリオス》を駆り《エルビー》に立ち向かう――！