環境破壊と戦争により地球は滅び、人類は巨大宇宙船〈アーク〉で火星を目指す。だが火星には古代文明の遺構と異星知性体が存在し、接触はやがて対立へと変わる。冬眠装置の事故で目覚めた少年・賢人は、通信不能に陥った〈アーク〉内部で不気味な侵入者の気配に気づく。閉ざされた空間で進行する異変と、人類存続をかけた選択。賢人は人と異星の狭間で、ある“真実”に向き合うこととなる――。