宝田薫の妹、百合は結婚式当日に失踪し、遺体で発見された。 殺害した犯人を追う中で、薫は不思議な石【浮遊石】を手にする。 浮遊石に隠された秘密は、創生者が作ったプログラムに潜むバグに繋がっていた。 バグを巡り、修正者と使徒たちの戦いが始まる。