建設公団理事長シャイロック氏暗殺の謎を追って、探偵・伴俊作と無免許医B・J(ブラック・ジャック)は海底超特急マリン・エクスプレスに乗り込んだ。しかし車両内でも事件は続き、設計者のナーゼンコップ博士による「マリン爆破計画」が明らかとなる。マリンとともに暴走するアダムを止める伴俊作たち。そして、目の前に現れた驚愕の世界とは?