人類の文明は突如現れた宇宙神獣の侵略により、壊滅的な被害を受けてしまった。その後、生き延びた僅かな人類は各地に小さな街を作り、そこで密かに暮らしていた。その中にある一つの街で育った少女ジェシカは、共に暮らすメアリー、リーファ、そして彼女たちの育ての親であるセノ爺の元で、宇宙神獣と戦う訓練を受けつつ、平和な暮らしを送っていた。 そんな中、メアリーはセノ爺の様子がおかしいことに気づく。 セノ爺の過去、そして不安定な世界で待ち受ける彼女たちの運命とは…