主人公フウリ・クジョウは、民間軍事会社３Ｓに所属する人造兵士と呼ばれる身体を強化された人間である。物語はドラゴンに襲われた街の救援に向かうシーンから始まる。そこでアスカは、アトランティス帝国の皇女であるヒロインアステリアと出会うが、直接話す事はなく、フウリだけが一方的にヒロインの容姿を知ることになる。 四年後、フウリは異世界のアトランティス帝国にある騎士学校に通うことになる。そこでは、人型兵器アイギスを操作する騎士見習いたちが訓練を受けている。アステリアは自分の婚約を破棄するために、腕利きとして目をつけていたフウリに自身の婚約者であり、学園最強と言われるマリウスとの決闘を依頼する。アスカは彼女の態度に嫌悪感を抱きつつも、これを承諾。卓越した操縦技術でマリウスを撃破する。 後日フウリはマリウスから、アステリアが皇女としてあまり自由の効かない身であり、故に自由を求めていることを聞かされる。その日の夜、アステリアはフウリと同じく現代からやってきていた留学生のミオと親交を深め、自身のハーレムに加えよとする。一方そのころ、フウリは夢の中で自らの過去、少年兵時代を思い出し、葛藤を抱える。 アステリアが実地訓練のため学外への演習に向かう際、フウリは彼女の護衛として同行することになる。フウリは遠征先の街で、アステリアからデートに誘われ、互いに歩み寄ることで二人は仲直りを果たす。しかし、その後に行われた実地訓練中にドラゴンの大群に襲われるが、辛くもこれを退けることに成功する。 遠征先から学園に戻ると、時を同じくして第三皇子カメルスがクーデターを起こす。フウリは、クーデター勢力に付いたかつての少年兵仲間であり、同じ人造兵士であるスザクから襲撃を受け、奪取された新型アイギスの性能も相まって圧倒され、敗北寸前まで追い込まれるが、ヒロインの伯父が率いる騎士団が救援によって間一髪で助かる。しかし、人造兵士が反乱を起こしたことで、フウリは３Ｓ社に拘束され、厳しい拷問を受ける。絶望の中、フウリは自死を選ぼうとするが、アステリアが救出に現れ生きる希望を取り戻す。 フウリはクーデター鎮圧のため帝都へ向かうアステリアに親衛隊として同行する。残っていた新型アイギスを駆り、再びスザクと対峙するが、互いの溝は埋まらないまま、紙一重の差で勝利する。一方、アステリアは宮殿へ突入し、カメルスとの一騎打ちでこれに勝利、クーデターを鎮圧することに成功する。 クーデター鎮圧後、フウリは異世界に留まることを決意し、アステリアの傍にいることを選ぶ。彼は再び学園へと戻り、新たな生活に希望を見出す。