主人公のシュロ・アーメアは、母を救うために日夜金稼ぎに励んでいた。 　そんな彼はある日、母を助けるための石があるという幻の都「アルクトゥルス」行きの列車が出ることを知る。 　まさかと思いながらもその列車が止まる駅へ向かった彼は、天才少女アーシャと出会う。そうして彼女のペット枠で、列車に乗り込むのだった。 　列車には、一筋縄ではいかない連中ばかり。 　列車を操縦する「メイド」 　死霊を操る金髪美女「死霊使い(ネクロマンサー)」 　文字を操る美少女「読書家」 　銃と魔術を組み合わせて戦う男「狙撃手」 　吸血鬼の祖である美少女「真祖」 　真祖の付き人で超能力を使う青年「超能力者」 　そして、アーシャの姉であり、魂だけの存在になっている少女、リン。 　アルクトゥルスは、鉱石と呼ばれる貴重な石の産出地であり、高い技術と知識を誇る学術都市だった為、乗客たちは皆それぞれに亡都を目指す理由があった。 　彼らと共にアルクトゥルスへ向かったシュロは、己の運命に直面する。