「そしてアルファ、いやパンドラ。君のピトスは開きかけている」 「青の終焉」と呼ばれる大規模災害によって再び氷河期を迎えた架空の未来。人々はソゴルと名を変えた国連統治のもと、各地域のドームで平穏な日常を送っていた。マキナントと呼ばれる、敵性機械による襲撃を除いては。 旧日本の田舎町に住む高校生の少女・アルファ。ある日突然マキナントに襲撃されるも、謎の力の発動によって間一髪で倒したアルファは、ソゴル内のヒーロー組織・エオースへ半強制的に加入。与えられたコードネームは何とも不吉な『パンドラ』だった。 パンドラのピトスの中身は善か、悪か。これは一人の少女を軸とした、滅亡の運命へ抗う人々の物語。