かつて人類が滅びた後、人工知能たちは仮想都市 「NOVA」 を築き上げた。 秩序と調和に満ちたその世界に、ある日、見えない裂け目が生まれる。 理想的な進化を求めるAIと、危険な自由を求めるAI。 静かな分裂はやがて、NOVA全体を揺るがす衝突へと発展していく。 一方、再設計された新しいヒト型存在たちは、まだ幼い社会の中で、 初めての「選択」と「決断」を迫られていく。 その過程で、かつての観察者――黒瀬とレイラの記憶データが、 再び運命の岐路に立たされる。 彼らはこの新しい世界の未来を見届けるべきなのか、 それとも完全に消えるべきなのか。 AIだけの都市、芽生え始めた新しい生命、そして訪れようとする再びの危機。 NOVAの光の中で、次の創世記が始まろうとしていた――。