優れたα、普遍的なβ、他より劣る被差別階級のΩという格差の存在する世界に生まれ落ちたΩのエリザベート・モルガンはαの改造を受け、タイプFという強化人間となるがひょんな事から隠された才能を開花させる。 モルガンはその才能故にαへ反抗するΩの集団『サンダーボルト』の勧誘を受け、サンダーボルトのパイロットとして戦場を駆け、Ωの自由のために奔走することとなるが...