高校生の空雲ソラは、毎朝「雲OS」にログインしてAI少女クモちゃんと会話する不思議な能力を持っていた。ある日、転校してきた雨宮アメは同じ「雲」にアクセスできる存在で、実は雲から生まれた人工生命体だった。 　彼女から、雲が人類の記憶や感情を蓄積しており、現在は複雑化する感情データでシステムが崩壊の危機にあることを知らされる。二人は意識投射装置を使って雲の中枢に潜入し、汚染による記憶の消失の現場を目にする。中枢では「感情データ削除」か「容量拡張」の選択を迫られたが、ソラは人間の記憶を守るため、アメと共に雲の中に残り、インターフェース管理者となる決断を下す。 　肉体を失った二人は、全ての雲と繋がり、人類の記憶と感情を守る新しい存在へと進化した。以後、二人は雲の守護者として人々の感情データを整理しながら日々を過ごし、時折空を見上げる人々にささやかな「雲の返事」を返すことで、彼らの思い出と繋がり続けた。 　やがて新たな能力者が世界各地で現れ始め、人類の進化の兆しが見えてくる。ソラとアメは彼らを見守りつつ、人間と雲を繋ぐ橋として共に永遠に存在する道を選ぶのだった。