3年前に発生した「ラビコード事件」で父を失った白間エリーは、真実を求めてサイバーセキュリティ研究者として働いている。政府から極秘任務を与えられた彼女は、国際特別監視センターに収容された存在「ラビット・ゼロ」の調査を命じられる。