ウロボロスの入れ墨を持つ《ホムンクルス》の集団と『賢者の石』。軍内部にも何らかの繋がりがあると感じたエルリック兄弟は、軍部の動向を探りつつ旅を続けることに。一方、「セントラル」に移ったロイもまた、処刑されたはずの死刑囚バリー・ザ・チョッパーとの出会いによって軍上層部の不穏な動きに注目する。東方の「シン国」からは“不老不死の法”を求める皇子リン・ヤオ、練丹術師メイ・チャン。さらには『傷の男』スカーまでが動き出し、『賢者の石』を巡る物語は複雑な様相を見せ始める！