孤島で寄り添い合って生きていた少年 セイ と少女 サナ。 二人は親に捨てられたが、互いがいたからこそ孤独を癒やし、ささやかな日常に幸せを感じていた。 しかし、ある日セイが釣りに出たまま帰らず、サナは大人たちに無理やり引き離されてしまう。 それが二人の別れとなった。 時は流れ、十年後。 サナは養子として新しい家庭に迎えられ、現在はレグナス学園の生徒として日々を過ごしている。 ある日、海辺で一通の手紙を拾う。それはかつてのセイからのものであった。 「元気ですか？ 僕のことは忘れてください。でも、ずっと愛しています」 悲痛な思いと共に、裏には「助けて。人魚島へ来て。あの子を助けてあげて」という切実な願いが綴られていた。 まだ彼は生きている。だが危険にさらされている。 迷うことなく、サナは決意する。愛する人を救うために。 そして彼女が協力を求めたのは、偶然近くにいた一人の少年―― アレン。 こうして、過去の約束と現在の運命が交錯し、学園の仲間たちを巻き込んだ「人魚編」への序章が幕を開ける。