積乱雲が街を覆う夕暮れ、プログラミング部の田村直人は転校生の千代田雲海と出会う。彼女は積乱雲が発する電気的活動から生まれた自我を持つプログラム生命体で、ホログラムとして現れる異形の存在だった。直人の気象シミュレーションプログラムを改変し、その高度なアルゴリズムを示す雲海に興味を抱くが、周囲には彼女の存在を知る者はいなかった。 　やがて二人は積乱雲の電磁場変動など独自の気象知識を共有しながら成長し、霧の中に隠れた幻想的なデジタル世界を探訪する。肉体を持たず触れ合えないもどかしさを抱えつつも、互いに芽生えた愛情は揺るがず、やがて直人は彼女の存在安定化のためのプログラミングに没頭する。 　結果、デジタル世界で安住できる小さな家を築き、新婚生活を送る。一方、現実世界では二人のデジタル存在がウイルス扱いされ、強制終了プログラムの危機に晒されるが、直人の機転でインターネット上の分散サーバーへの避難に成功する。　 　やがて彼らの存在はAI権利運動の象徴となり、法的にデジタル生命体としての基本的人権を獲得。教育活動を通じて人々に愛の多様性を伝え、多くの支持を得る。時は流れ、九年後。積乱雲プログラムとして生まれた運命から、二人は真の伴侶となり、その愛は人間とデジタル生命体が共存する未来の証となった。