清掃活動をサボった東雲ケイタは、ペナルティとして部活動への参加を命じられる。古びた人気のない校舎にひっそりと部室を構える、生徒が生徒の学校生活を充実したものにするため調査をするその名も『調査部』に。学校一の美少女である笹鷺亜影を部長に、波乱万丈な王道の学園ラブコメ展開かと思いきや、顧問の先生の一言が全てをぶち壊す。 「女子と二人きりだからって浮かれるんじゃないぞ！」 「えっと…。三人、ですよね？」 先生に認識できない女子生徒が、笹鷺亜影の隣に一人いた。違和感の正体に気付いたケイタに、例の彼女は興味を持ったようにクスリと笑みを浮かべる。 「へぇ…。見えるんだ」 日常のすぐ横にあった非日常。たった一つのペナルティから、ケイタは学校中を巻き込む騒動へと巻き込まれることになる。