大正11年、東京帝國大学文学部の学生で亡くなった父の跡を継ぎ神社の宮司をしている宮守馨は、医学部法医学教室助手の高麗から神隠しに遭った婦人を探しているという学生を紹介される。 子供の頃に神隠しに遭って行方不明になった妹を探し出したことがある馨は、周囲からは神隠しに遭った人を探すことができる神主であると勝手に期待されていた。 人の失踪のほとんどは神隠しではなく事件か事故か本人の意志によるものだと考えている馨だが、神宮皇學館本科時代の同級生で現在は東京美術学校に通う霊が見える結城嗣とともに人探しを始める羽目になる――。