魔術の発展著しいアズガルド王国の魔術の最高学府エイワス王立魔術学院へソフィー・ジュリアスは受験するが、適性審査で落第し不合格となる。それでも魔術を学びたいソフィーは学院の事務員補佐のバイトをしつつ、講義を盗み聞きする日々を過ごす。そんなある日、退学届を提出した学院生のメリア・コーネリアのローブを預かったソフィーはメリアに成りすまし、学院の高等教育を受ける策を思いつき、実行する。 　学院に潜り込んだソフィーは学院生活初日、主席で入学した王国の王女のエミリアに、メリアに成りすました事がバレる。その日のエミリアの振る舞いから、ソフィーはエミリアが学院内で双子の妹のルナリアと実技と座学の講義を入れ替わっている秘密を知る。両者とも秘密を知った後、ルナリアはソフィーの洞察力と知性、独特の魔術戦闘法を買われ、学院内に潜む暗殺者からの護衛を頼まれる。 　護衛役となったソフィーは講義レポート課題の内容に、入試の際の適性審査でソフィーを落とした理学部准教授のレオナルドに呼び出され、魔術研究の臨時助手を強制される。その事にエミリアとルナリアに心配されながら学院都市の街中で食事をする中、何者かの襲撃を受ける。周知されていない魔術で翻弄されるも対抗して、不利な状況に追い込まれた襲撃者は自爆してしまうが、その後ソフィーは自害した襲撃者が、真犯人がすり替えた別の死体だと気づく。 　レオナルドの臨時助手として転移魔術の研究に携わり、襲われた際の転移魔術を調査しつつ、真犯人の足取りを追う。その末に、真犯人であるメリアを追い詰めるが、自らの命を贄にして都市ごと魔術で爆破に巻き込もうとする。しかし、ソフィーの起点で大規模魔術を王女二人と共に解体し事件の幕が閉じる。 　事件解決の功績に学院長からの報酬で、ソフィーは正式に学院生として編入できる事になった。