高校不登校かつ日本最高学府哲学科の非常勤講師でたる少年、東 周(あずま あまね)が、「魔女」と称される大学教授、エリー・マグネシアのせいで、世界に魔力が満ちた状態に陥り、世界(と大学)は大パニックに。 そんな状況の中で周とエリーは魔法体系を哲学的に構築する過程において、陰で暗躍する神学教授の女性、ノアリアナ・ラザフォードと、彼女と秘密裏に結託する宗教組織、「神の天啓」との対峙を迫られることに。