様々な種族が入り混じる世界で治安を重んじる【幻想都市】と呼称される国の一角で巻き起こる物語。 　自分たちの国を守るために十二歳となる女子の中で【巫女】に適性を持った人材を集めて【王立巫女育成専門学院】から入学通知を送られた者は全員が通わなければならない法律の下で主人公のエリナ・ミーティアは見事に選ばれてしまった。 　本来は家庭教師になって得意でもある勉強を教えながら伸び伸びとしたスローライフを送る予定だったエリナ。絶対に避けたかった進路を辿ったエリナの学校生活は壮大とも言える一戦が待ち受ける。数々の事件を解決する度に明かされる秘密がエリナを大きく成長させて人々を救いたい一心で敵と対峙する。