令和の時代、南極で突如発生した異変。 各国の基地は一夜にして沈黙し、派遣された偵察部隊も誰ひとり帰還しなかった。 やがて国際艦隊が編成され海上自衛隊最新鋭護衛艦〈たいほう〉もその一翼を担う。 しかし、南極沖に現れた巨大な渦から出現した謎の艦隊の前に、現代兵器は無力であった。 ミサイルの嵐が空母をも飲み込み、多国籍艦隊は壊滅。 生き残った防大生・風見雄介は仲間と共に次元の彼方へと投げ出される。 目覚めた先は、失われた伝説とされるムー帝国――そして彼らの永遠の宿敵・アトランティス帝国が、現世を侵略せんと南極に要塞を築いていた。 現代艦隊では歯が立たぬ敵に挑むため、雄介は仲間と共にムーの力を託され、歴史と次元を超えた戦いへと歩みを進める。