この世界は、神の箱庭。宇宙の因果律管理装置、<バース・クロック>の住人「管理者」が統治する小さな世界。 この世界では、「管理者」の血を引く人類「ミスタルシア人」と、異世界の神、セラフ・マナリアから魔法を授かり進化したアンデッド「マナリア人」が、自分たちの神の存在証明ため、戦争を繰り広げていた。 「管理者」の力を受け継ぐミスタルシア人は、世界に命令を下す権能「コマンド」を用いてマナリア人の魔法に抗う。 そんな中、ミスタルシア人の国に、歴代最強の才能を持った「コマンド」使いの少女、エミリアが生まれた。同時期にマナリア王家にもセラフ・マナリアの生まれ変わりと言われる王女が生まれ、世界の歯車が大きく廻り出す。 「この聖戦で…世界の謎が解き明かされる」