かつて世界を破滅から救い、『大賢者イリアス』と呼ばれた男は、その人生の全てを費やして『悠久の叡智の図書館（アルカナス）』を築いた。それは、いかなる時代の、いかなる文明の知識も失われないよう、物理的な蔵書と、魔力的な情報記録の両方で守られた『知識の守護塔』だった。 しかし、大賢者イリアスは寿命には勝てず、静かにその生涯を閉じた。 それから200年。 人々は図書館の存在を忘れ、その場所を知る者はほとんどいなくなった。ある日、図書館の最深部、イリアスの研究室だった場所で、一人の少年が目覚める。 少年は、自身の肉体が死ぬ前のイリアスが12歳の頃の姿であること、そして、脳裏には大賢者イリアスの全ての記憶と知識が刻まれていることを悟る。 彼は大賢者イリアスであり、同時に、幼い少年エリウスとして二度目の生を歩み始めた。 彼が目覚めた時、世界はかつてのイリアスが築いた時代とは大きく変わっていた。「聖典の欠落（エンピュレオ・ロス）」と呼ばれる謎の現象により、特定の技術、歴史、そして強力な魔法の術式が、世界から跡形もなく消え去っていたのだ。 目覚めたエリウスを待っていたのは、知識を独占しようとする『教団（オラクル）』や、図書館の力を狙う王立学者団**からの執拗な脅威だった。 戦闘力を持たない少年賢者が選んだ道は、図書館の『知識の守護システム』を駆使すること。そして、図書館の最後の門番（ゲートキーパー）である司書リーサを唯一の手足とし、外界へと「失われた叡智の欠片」を送り出すことだった。 これは、知識の殿堂に籠もった不老の少年賢者と、彼を護る最後の司書が、世界から失われた知識を奪還し、歴史の崩壊を食い止める物語