新宿歌舞伎町の上空に、突如巨大UFOが出現した。友好的な態度を見せ続け、人類の警戒をほどき、異性人間の交流を実施しようと目論む。彼らの来訪を疑う江口教授、森口を筆頭とする日本政府の特命チーム7名との頭脳戦が行われるが、宇宙人の突然の豹変ぶりと急襲に戸惑う、攻撃に耐え最後に人類を救ったのはある遺伝病のタンパク質だった。 宇宙人との戦いが終わったのもつかの間、2020年東京オリンピック阻止を狙う謎の宗教集団ナガオ教が現れた。彼らの繰り出す現人類では保有していないような多彩なサイバーテロ攻撃に対して、人選も新たに入れ替わった江口教授や森口を筆頭とする特命チームは防げるのか。