G.E.(ｷﾞｬﾗｸｼｨ･ｲﾗ)995年銀河の中心核ﾊﾞﾙｼﾞで地球連合軍とﾕﾅｲﾃｯﾄﾞﾃﾚｷﾈｼｽ軍との最終決戦、通称"ﾌﾞﾗｯｸﾎｰﾙｸﾘｽﾏｽの役"と、その同時に和平会談通称"ｱﾊｯﾋﾟｰﾆｭｰﾕﾅｲﾃｯﾄﾞ"が開かれ和平が結ばれN.O.C.U."ﾉｰｸ"(新組織秩序連合)が結成された。 それから2年後…G.E.997 新組織秩序連合は元地球連合軍と元ﾕﾅｲﾃｯﾄﾞﾃﾚｷﾈｼｽ軍の強行派を弾圧、平定に勤めている。 前大戦で大いに活躍したｾｲﾝﾄﾌｫｰｽ隊は大戦後、地球に凱旋帰還し散り散りになった。 ﾐﾘｰ=ｱｰﾄﾈｯﾄ=ｲﾘﾄﾞｰﾗ艦長はｲﾘﾄﾞｰﾗ王国を再建、復興させる為にｲﾘﾄﾞｰﾗ王国へ戻った。 ｼｪｲﾄﾞ=ｲｰﾌﾞﾝは月にある軍事名門ｲｰﾌﾞﾝ家に戻り財閥解体をする為に帰宅した。 ﾙｼｬﾙ=ﾗﾝｸｰﾄﾞは戦後地球に住んでいる両親の元へ帰った。 ﾚｲｽ=F=ﾌﾞﾗｳﾝは"ﾌﾞﾗｯｸﾎｰﾙｸﾘｽﾏｽの役"の際、ｽﾍﾟﾙ=ｲﾙ=ﾊﾞﾙｽ(本名・ﾌｪｲｸ=ﾘｳﾞｧｰﾝ)が死に、そしてその悲しみから退役しようと考えたが思い止まりﾗﾝｸｰﾄﾞ家に身を寄せた。 しかし、前大戦はこの先の戦乱の序曲でしかなかった…… G.E.997…3月14日。"ﾌﾞﾗｯｸﾎｰﾙｸﾘｽﾏｽの役"の場所に突如として現れた巨大浮遊物体…この時に起きた衝撃波でﾌﾞﾗｯｸﾎｰﾙ調査隊が一瞬にして消滅した、このことを"消滅のﾌﾞﾗｯｸﾎｰﾙ"と名付けた…新たな戦乱と共に……