蒸気と歯車が交差する街、鉱山都市アグトレア。この街のあらゆるものはクォータルと呼ばれる特殊な鉱物によって動いている。しかし、その重要な資源も近年減りつつあり、都市の上層部は新たなエネルギー資源を模索していた。 そんな中、街に住む採掘士の少年ロクタは、鉱山の最奥に眠る謎の鉱物を探し求める少女ノノと出会う。少女の持つペンダントに埋め込まれた見たこともない鉱石に魅了されたロクタは彼女と共に、異様な原生生物が潜む地底坑道の奥地を目指す。