絵を描くことが大好きだった少女、堺伊織が死んでからちょうど2年が経った。夏休みのとある日、中学三年生になった親友の三ノ輪奏が伊織の命日に彼女の家へ行ったところ、伊織の母から思い出の色鉛筆が手渡されたのだった。
しかし、奏は伊織に対して誰にもいえない秘密を抱えていた。
わだかまりを持ったまま眠った奏が目を覚ましたとき、そこは奏にとって見知らぬ場所だった。
そこでであった謎の人物「キキ」との関わりの中で、奏は自身の抱える秘密と向き合っていくのだった。