神力を利用して万物の法則を捻じ曲げる兵器ーー神器。その神器を巡り数多くの争いが起き、様々な組織が神器所有者からなる軍事組織『信託団』を結成し、自国の防衛や神器犯罪の取り締まりなどを行っていた。 ある日日本政府神器研究所『院』を訪れた八神誠は、そこで卵形の巨大カプセルを見つけ、その中から出てきた謎の少女、イオと対面する。自らを神と名乗るイオとの出会いが、誠自身も知らなかった自分自身への秘密へと繋がっていた。