桐原隼人は、高校1年生。 明るく快活でクラスの人気者だが、その笑顔の裏では誰にも言えない孤独を抱えていた。 白鷺市で5年前に起きた、原因不明の大規模航空事故―― その謎を独自に調べるため、隼人は謎解き研究会で資料と向き合っていた。 誰も解明できない“空に消えた事件”を、一人で追い続ける日々。 そんなある日、転校生の藤咲理乃が研究会に入部してくる。 理乃もまた、事故の真相に興味を持つ調査者の一人だった。 二人はまだ互いを知らない。 だが、同じ謎に惹かれ、同じ資料を手にした瞬間から、 空に消えた事件の真実を追う、二人だけの物語が動き出す――。