概要：羽根山高校に通う高校二年生、増(ます)崎(ざき)楼(ろう)蘭(らん)。 政治家である父、タレントである母との間に産まれたが、両親の才知を何一つ受け継がず、親にも見捨てられた彼は、毎日をただ無気力に過ごしていた。そんなある日。授業中の教室に、不可解な放送が響き渡る。 『今から、『ゲーム』を開始する』 その次の瞬間、大きな揺れと共に世界が一変していた。 揺れが収まった後、楼蘭はクラスメイトの持(もち)塚(づか)頼(より)恭(ゆき)、北(きた)原(はら)沙(さ)紀(き)、広小路舞那(ひろこうじまな)と共に、事態を調べようとする。 そんな彼ら四人の前に、怪物が現れ襲いかかる。 圧倒される楼蘭達。だがそんな楼蘭達の手の中に、四本の不思議な剣が現れる。 どうにかそれを使い、怪物を倒した楼蘭達の前に現れたのは、『マスター』と名乗る黒いフードの女であった。 その『マスター』の言葉、そして教室の窓から見える風景を見た楼蘭は、ここが、かつてとあるベンチャー企業が創ったオンラインゲーム、『サード・エンド・ストーリー』の世界であると知る。 元の世界に戻るには、ゲームをクリアーし、『マスター』を倒すしか無い。 果たして彼らは、元の世界に戻れるのか? 異様な世界で、楼蘭達四人の冒険が幕を開ける。