教室で山田という男子が徐々に消えていくことに気づく千織。彼女だけが消えた人々の記憶を持ち続ける中、誰にも見えない茶色いクマのぬいぐるみセレスと出会う。 　セレスは記憶を整理し保存するメモリー・コレクターで、自分たちの世界は大きな存在の夢だと告げる。時間と共にクラスの人数は減り、消えた友人の痕跡すら消失するが、千織は記憶の司書として彼らの記憶を結晶化し守っていく使命を負う。 　消えゆく世界の中で、千織の内なる交響曲は過去の記憶と感情を美しい旋律に変えていく。だが最後の時が訪れ、世界は消滅の瀬戸際に。千織は記憶そのものとなり、消えたすべての人々を音楽として永遠に響かせる。新たな世界では少年が新たな記憶の守り手となり、記憶の継承は続く。愛と記憶の旋律が時間と世界を超えて、ラスト・ドールズ・シンフォニーとして永遠に奏でられていく。