世界各地で発見された古代遺跡。その奥には「門」が存在し、異世界アガルタへと繋がっていた。自衛隊員たちが未知の世界へ派遣される中、平凡な高校生・結衣は不思議な力に目覚める。地球とアガルタ、二つの世界を巻き込む陰謀の渦中で、古代の謎が解き明かされていく。