人類と統合意識体ジェマナイとは１５年にわたる戦争を続けていた。とある日、シベリアにあるジェマナイ本部ではセラフィアと呼ばれるネオス（新生人類）がメンテナンスを受けていた。彼女は、人間一体とネオス一体が絶対防衛権であるモスクワに潜入していることを感知する。彼──斎賀真一と彼女──ミューナイトこそ、ジェマナイにたいして攻勢をかける転機となるパートナーとなる一組だった。彼らは、ノルマンスクで極秘製造していたビッグマン（巨大ロボット）「NNN-3」を奪取した後、「ライジングアース」と命名し、ジェマナイとの全面戦争に突入する。