反惑星間連合決戦から30年後、「アフターワー」サンマル年。星間連合軍に属する異星人種ヴァルカリアンが支配する隔離区域「ムピキウム」に住む少年ネプトは、本当の空を見ることに憧れ、今日もその空に似せて作り出された天蓋を眺める。奴隷のような生活を続けたネプトの日常にある日、轟音と共に一人の少女と巨大な人型機械歩兵HI（ヒューマノイドインターフェイス）が現れる。ネプトは一人の少女「アルケ」を救うためにHIに乗り込む…