認知世界（コグニティブ・スペース）と呼ばれる遠未来の衝突銀河系の辺境、枝状星群の巨大惑星オニキスの衛星の一つを租借しているスリーオーシャンズという機械知性（マシナリー）のハイブは、その期限満了に伴って銀河中心への帰還準備にあった。返却にあたって、有機知性体（オルガノイド）の惑星開発委員会は査察団を彼の地に送るが、其の船は星系主星であるマンティコアに向かう途中、オニキスの軌道上で消息を絶つ。マンティコアを追放されたシルとニュートは、故郷から4ゲート離れたある商業星系で攻勢探偵（スカウト）としてキャリアをスタートしたものの借金苦に喘いでいた。委員会は、彼女たち”禁忌破りのクエーサー”にオニキスの調査を依頼する。そんな中、穏健派と主戦派に分かれ論争するマンティコアの隙に乗じて、オルガノイド軍はオニキス周辺に威力偵察を実施する。マシナリーはこれに対抗し、ゲートジャックにより他の工廠から援軍を引き入れマンティコアからの退去を撤回、星系への侵攻を開始した。この故郷の危機を救う為に、オニキスに向かうシルとニュート。図らずも目にしたマシナリーの秘密とは何か、そして彼女らとマンティコアの運命は？