ネタバレ注意！　主人公の下小牧蒔也(しもこまきまきや)は物心ついた時からタイムリープ能力を持っていたが、それを自分の意思で自在に使いこなすことは出来なかった。高校に上がった頃からタイムリープの回数が頻繁に発生し、朝起きて面倒な学校へ行ってようやく帰ったのも束の間、目覚ましの鳴る当日朝まで戻されるなど不快な思いを繰り返し、高校が嫌になり不登校気味になっている。 　ある日自宅で見知らぬ美少女と鉢合わせする。彼女は望月と名乗り、下小牧の両親の記憶を弄って居候を始める。望月の正体は未来人らしく、未来で起こるタイムリープ事故の解決に最適な人物を探しており、下小牧がそれに相応しいと言う。下小牧はタイムリープを自在に操る能力を望月から与えられた。下小牧は家族の事故死を改変してもらうことを条件に、未来へ飛ばされる。 　下小牧は千年以上先の地球の軌道上を周る宇宙船内で目を覚ます。そこには何故か望月と外見がよく似たエリスという女の子がいたが、望月のことは知らないという。下小牧はタイムリープ事故の原因究明の為、宇宙船内から退廃した地球を探検したり、望月のいう『裏切り者』が誰か船内を探っていたが、一人、また一人と船内で死人が出る。下小牧はタイムリープの負荷、あるいは見えない何かからの視線を感じ、一周目での事件解決を諦め船内での陰謀を見極めようとするが、乗員の一人が人外に変容してしまい、やがて船内の一区画に閉じ込められる。 　終盤、下小牧は船内での殺人事件が目に見えないナノマシンが引き起こした乗員への人体改造が原因と突き止め、また裏切り者がエリスであることも突き止める。エリスは、船内のナノマシン汚染が太陽系外へ蔓延することを防ぐ為に時間組織によって送り込まれたエージェントだった。下小牧は事件の全貌を不完全ながら理解し死亡する。 目を覚ました下小牧は自分が船内で目を覚ますと、次からは死人を出さずタイムリープ事故の原因を突き止め、全てを解決しようと決意するところで第一部完結。