中学3年生の山野菫と宇佐見理沙は、春休み明けの学校で学園長室の掃除中、菫の念動力でゾンビのような異変を感知する。教師や生徒が次々と襲われ、学校はパニックに。スマホが圏外のため、ラジオとテレビで町の隔離と暴動を知る。翌朝、学園長から電話でゾンビ蔓延と3日以内の病院脱出を告げられ、担任の桐野美弥先生と合流。菫の空間把握能力と理沙の身体能力を活かし、学校内を探索しながら生存者を助け、ゾンビと戦い、疲労と悲しみを乗り越え、学校と街からの脱出を決意する。