二〇三〇年に機獣が世界中の首都の地下から出現してから二十年の月日が経とうとしていた。機獣とは、読んで字の如く機械の身体をした獣のことである。それに対抗する手段として人類は、防衛壁を築き、機獣ハンターという者たちを壁内へ送った。 　日本で機獣ハンターをしている古賀ユウキと斎藤エリカは、仇討ちのため、ある機獣を追っていた。その機獣の目撃情報を頼りに、日本最大の防衛都市であるヤマトに足を踏み入れた。果たして2人は、仇討ちを達成できるのか。