港町・麟洲（りんしゅう）のはずれに佇む小さな薬房『宵薬房』。薬師・桐生紗夜は、薬の匂いと色、舌触りから人の嘘や事件の痕跡を見抜く特別な力を持つ。 ある夜、屋台で女が倒れ、致死量の毒が混入したことが判明。港に流れ込む外来薬材や偽造品が絡む事件の陰に、表の商会と裏の黒帆会が蠢く。紗夜は薬の知識と観察眼で、静かに真実に迫る――しかし、その先には、幼い頃失った家族に通じる“古い刻印”が待っていた。