『システム』と呼ばれる新型生成AIが創り出した『魔法の種』によって混乱した未来。『魔法の種』が蔓延してから30年、『獄門島事件』により魔法少女が全滅してから12年後の『システム』が支配するニュートーキョーでふたたび魔法少女ルナが咆哮する！ ※タイムリープモノです。いくつかの時間軸で物語が展開していきます。