桐島葵は、普通の女子高生──のはずだった。ある日、教室の隅で誰のものでもない“色”を目にする。それは人の感情や後悔が具現化したものだった。失われた色を拾い返すと、人の心の奥にある秘密や悲しみが解き放たれる。偶然その能力に目覚めた葵は「色拾い部」を結成し、仲間とともにクラスメイトの小さな痛みを拾い始める。しかし、葵自身の胸に潜む“灰色の記憶”──幼い頃に消えた約束──が徐々に明らかになり、学校全体を巻き込む事件へと発展していく。