遥か彼方の星、アストレア。その地は、高度な魔法技術「マギクラフト」が花開いた世界だった。しかし、マギクラフト・マイスターであるレオンハルト・シュタインの死後、後継者は見つからず、その技術は衰退の一途を辿っていた。

そんな中、現代日本の大学生、蒼井翔太は、奇妙な召喚魔法によってアストレアへと飛ばされた。翔太は、幼い頃から工作や模型作りに没頭し、精密機械や自動制御技術に造詣が深い、いわゆる「オタク」だった。彼の技術力は、現代科学の粋を集めたものだった。

召喚された直後、翔太はアストレアの魔法使い、エリザベス・ベルモンドと出会う。エリザベスは、レオンハルトの後継者として翔太を召喚した張本人だった。レオンハルトの遺志を継ぎ、マギクラフトの復興を翔太に託すためだ。

エリザベスは、アストレアの魔法を「超物理現象の制御」と説明する。魔法とは、精霊や妖精の力ではなく、物理法則を高度に操る技術なのだ。翔太は、その説明に驚きながらも、現代科学の視点からアストレアの魔法を分析し始める。

アストレアの魔法は、複雑な結晶構造を持つ「マナ結晶」をエネルギー源としていた。マナ結晶は、様々な魔法効果を持つが、...