少女兵器。 ――それは政府が極秘に開発を進めた秘密戦闘兵器。 その研究機関で目を覚ました貝瀬真人は、記憶を失っていた。やがて、天真爛漫で純真無垢な少女兵器、マカロフと出会い、関係を深めていく中で彼は、少しずつ記憶を取り戻していく。しかし、取り戻した記憶は、少女兵器開発の暗く、凄惨な歴史の記憶だった。 徐々に明らかになる機関の陰謀と、少女兵器に隠された衝撃的な秘密。突き付けられる冷酷な運命と、目をそむけたくなるような事実を前に、貝瀬はマカロフを守り、自分の責務を果たすために奔走する。