東京・駅前で突如発生した異次元空間〈アルケメイズ〉。 特殊部隊さえ壊滅寸前に追い込む怪物の前に現れたのは――仮面をまとい、黒衣に身を包んだ謎の男〈ファントム〉。 人の心が絶望から生み出す迷宮と怪物に、彼はたったひとりで挑む。 敵か、救世主か。その素性も目的も謎に包まれたまま、ただ「救われるべき人を救う」ために戦う影の英雄の物語が幕を開ける。