世界各地にある異変。 Anomalyと呼ばれるそれらは、場所、環境、モノ、さらには生物まで変えて特殊で多種多様な生態系を形成していた。 そんなAnomalyを自身の興味の赴くまま自由に冒険し探索する人たちを探索者と呼んだ。多くの人が探索者に憧れ目指す中で、主人公の輪凪ジンも探索者に憧れる一人だった。 ジンは幼い頃からAnomalyに魅了され、その謎を解き明かすことを夢見ていた。彼の家族もまた探索者であり、彼の父親は有名な探索者として知られていた。 高校を卒業したジンは父親と同じ探索者の道を歩み様々な困難や喜びを経験して、Anomalyの巨大な秘密を知っていく。